JQH (Jam’iyyatul Qurra’ wal Huffadz)
Wadah pembinaan mahasiswa UNISSULA dalam mendalami seni baca Al-Qur’an (tilawah), hafalan (tahfidz), serta kajian pemahaman Al-Qur’an guna mewujudkan generasi Khaira Ummah.
LKM-SA (Lembaga Kajian Mahasiswa Sultan Agung)
Organisasi kemahasiswaan yang berfokus pada kajian keislaman intelektual, pemikiran kontemporer, dan dakwah akademis kampus.
FSA An-Nisa (Forum Silaturahmi An-Nisa)
Wadah pemberdayaan, diskusi, dan pembinaan karakter kemuslimahan khusus bagi mahasiswi di lingkungan kampus UNISSULA.
Firdaus Choir UNISSULA
Paduan Suara Mahasiswa (PSM) resmi UNISSULA yang menampung bakat olah vokal, aktif mengisi upacara resmi universitas, serta berprestasi di kancah nasional maupun internasional.
KSB Es-A (Kelompok Seni Budaya Sultan Agung)
Wadah kreativitas mahasiswa dalam bidang seni pertunjukan, teater, musik, tari tradisional, serta pelestarian seni kebudayaan nusantara.
SAEC (Sultan Agung English Club)
Unit kegiatan mahasiswa yang menjadi pusat pengembangan kemampuan berbahasa Inggris, debat, public speaking, dan persiapan kompetisi global.